Gerra zibila 1936ko uztailaren 17an hasi zen, Espainiaren kolonietako tropak Marokoko protektoratuan errepublikaren aurka altxatu zirenean. Hurrengo egunean, Estatuko gainontzeko lekuetan bezala, euskal probintzietako militar batzuk altxamenduarekin bat egin zuten. Zenbait lekutan, Araban eta Nafarroan kasu, matxinoek hasieratik lortu zuten lurraldea kontrolatzea. Bizkaia eta Gipuzkoan aldiz, altxamenduak porrot egin zuen.
Gerran aritu ziren bi bandoen artean nabarmendu zen espainiar politikaren polarizazio hura, Euskal Herrian, hiru sektoreren artean egituratu zen. Alde batetik, errepublikaren aurka altxatu zirenen bandoa gorpuztu zen. Hemen, karlistak izan ziren nagusi. Bestetik, ezkerreko eta zentro-ezkerreko alderdi politiko eta sindikatuak elkartu ziren, errepublikako Gobernuaren alde jarduteko. Hirugarren blokea, Eusko Alderdi Jeltzaleak zuzendu zuen (EAJ). Alderdi hau, 1931n karlismoarekin adostu zuten aliantza alde batera utzi eta 1936an ezkerreko indarrekin errepublikako Gobernua babestera pasa zen.
1931ko espainiar Konstituzioaren ondorioz, Estatuko lurralde ezberdinei autonomia eskuratzeko aukera ireki zitzaien. Euskal Herrian, 1931an bertan abiatu zen autonomia estatutua idatzi eta onartzeko prozesua, baina alderdi eta sektore politiko ezberdinak ez ziren akordiorik lortzeko gai izan. 1936ko urriaren lehendabizikora arte itxaron behar izan zen, estatutua onartu zedin. Urriaren 7an, J. A. Agirre Lekube (EAJ) Lehendakari zuen historiako lehendabiziko euskal Gobernua eratu zen. Hala, EAJ alderdia matxinatuen aurkako gerran zuzenean inplikatu zen.
Ondorioz, gerrak iraun zuen bitartean euskal administrazioa egituratu behar izan zuten. Administrazio berria, industriaz, osasungintzaz, hezkuntzaz, garraioaz, poliziaz eta Gobernu autonomoak zuzendutako ejertzito propioaz arduratu zen. Ejertzito honek, errepublikako gobernuak diseinatutako gerra estrategietan parte hartzeari uko egin zion.
Euskal Herrian gerrak gutxi iraun zuen. Matxinoak 1937ko ekainaren 19an sartu ziren Bilbora eta aste gutxitan, menperatzea falta zitzaizkien azken zonaldeak kontrolatu zituzten. Egoerak hala bultzatuta, EAJ alderdiak matxinatuen alde gerran ari ziren italiarrekin akordioa lortu zuen Santoñan (Kantabrian), euskal gudarostearen errendizioa sinatuz. Baina gerran ari ziren gudari guztiek ez zuten akordioa begi onez ikusi eta hauetako batzuk, errendizioa onartu beharrean errepublikaren alde borrokan jarraitu zuten.
