La Guerre Civile espagnole a débuté avec le soulèvement des troupes coloniales dans le protectorat espagnol au Maroc le 17 juillet 1936. Le lendemain s’est produit le soulèvement des militaires dans les provinces basques, comme dans le reste de l'Espagne. Dans certains endroits, il triompha comme en Alava et en Navarre, mais il échoua dans d'autres, comme en Biscaye et en Guipuscoa.
La polarisation politique espagnole que l'on percevait dans les deux camps de la guerre, se présentait au Pays basque sous une forme triangulaire. D'une part, les révoltés, avec le carlisme en position hégémonique. D'autre part, les organisations politiques et syndicales de centre-gauche et de gauche qui soutenaient le Gouvernement de la République. Et enfin, un troisième bloc représenté par le Parti Nationaliste Basque (PNV). Ce dernier est passé en 1931 d’une alliance avec le carlisme, à un soutien en 1936 au Gouvernement avec les forces de gauche.
La Constitution espagnole de 1931 a ouvert la possibilité d'accéder à l'autonomie des régions. Au Pays basque, le processus d'approbation d'un statut d'autonomie a débuté en 1931, mais en l'absence d'accord entre les partis sur son contenu, l'approbation n'a été possible qu'au 1er octobre 1936, après le début de la guerre. Le 7 octobre fut élu le premier Gouvernement basque de l'histoire, présidé par J.A. Aguirre (PNV). Cela impliqua le PNV dans la Guerre Civile contre les insurgés.
Parallèlement au développement du conflit armé, la création de l'Administration autonome basque a commencé, englobant l'intervention dans l'industrie, la santé, l'éducation, les transports, la police, et même une armée dirigée par le Gouvernement autonome, qui refusait de participer à la stratégie de guerre conçue par le Gouvernement espagnol.
La guerre fut brève. Les insurgés occupèrent Bilbao le 19 juin et dans les semaines suivantes le reste du territoire basque. Face à cette situation, à Saint-Ogne (Cantabrie), le PNV parvint à un accord avec les allies italiens des insurgés pour rendre l'Armée basque. Cependant, tous les combattants n'acceptèrent pas cette reddition et certains continuèrent à se battre pour la défense de la République.
